پایان نامه ارشد : بررسی تنوع ژنتیکی اقوام ایرانی با استفاده از STR

فهرست مطالب

چکیده فارسی………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………ذ

چکیده انگلیسی……………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………ر

1-1 مقدمه. 2

1-2 نشان‌گر چیست؟. 2

1-3 انواع نشان‌گرهای ژنتیکی.. 3

1-3-1 نشان‌گرهای مورفولوژیک… 3

فهرست مطالب

1-1 مقدمه. 2

1-2 نشان‌گر چیست؟. 2

1-3 انواع نشان‌گرهای ژنتیکی.. 3

1-3-1 نشان‌گرهای مورفولوژیک… 3

1-3-2 نشان‌گرهای پروتئینی.. 4

1-3-3 نشان‌گرهای مولکولیDNA وRNA.. 4

1-3-3-1 نشان‌گرهای غیر مبتنی بر PCR.. 7

1-3-3-1-1 تفاوت طول قطعات حاصل از هضم DNA توسط آنزیم‌های محدودگر( (RFLP. 7

1-3-3-1-2 پویش ژنومی نشانه‏های هضم (RLGS) 8

1-3-3-1-3 ماهوارک‏ها 9

1-3-3-2 نشان‌گرهای مبتنی بر PCR.. 11

1-3-3-2-1 تفاوت طول قطعه‌های حاصل از تکثیر (AFLP) 11

1-3-3-2-2 DNA چندشکل تکثیرشده‏ی تصادفی (RAPD) 13

1-3-3-2-3 تفاوت تک نوکلئوتیدی(SNP) 13

1-3-3-2-4 نشان‌گرهای مبتنی برنقاط نشان‌مند از ردیف (STS) 14

1-3-3-2-4-1 تفاوت طول قطعه‏های قابل تکثیر(ALP) 15

1-3-3-2-4-2 ریزماهواره‌ها 15

1-4 فراوانی، توزیع و سازماندهی ریزماهواره‏ها در داخل ژنوم. 16

1-5 مکانیسم ایجاد تنوع در طول توالی‏های تکراری.. 16

1-5-1 کراسینگ‌اور نابرابر. 17

1-5-2 عدم جفت شدن ناشی از سرخوردنDNA در طول رشته (خطاهای همانند‌سازی) 17

1-6 دامنه تنوع واحدهای تکرارشونده 19

1-6-1 مدل جهش گام به گام. 19

1-6-2 مدل آللی نا‏محدود. 19

1-7 مارکرهای STR.. 20

1-8 کاربرد مارکرهای STR.. 20

1-8-1 مطالعات شجره‏ای و روابط فامیلی.. 20

1-8-2 شناسایی هویت قربانیان حوادث.. 21

1-8-3 تعیین هویت در موارد جنایی.. 22

1-8-3-1 شناسایی افراد مجهول الهویه. 22

1-8-3-2 ردیابی مجرمین.. 22

1-8-4 ردیابی تاریخ بشر و مطالعات جمعیتی.. 23

1-9 سایر کاربردهای مارکرهای STR.. 25

1-9-1 جمع‌آوری سلول‌های جنینی از خون مادر 25

1-9-2 نقشه‏ی ژنوم بیماری‏ها 26

1-9-3 تعیین هویت افراد استفاده کننده از سرنگ مشترک.. 26

1-9-4 تشخیص کلون‏های موفق.. 26

1-9-5 بررسی و نظارت روی پیوند عضو. 26

1-9-6 تشخیص کایمرهای ژنتیکی.. 26

1-9-7 مشخص نمودن خطوط سلولی.. 27

1-9-8 تشخیص تومورهای سرطانی.. 27

1-10 روش‏های کلی شناسایی هویت افراد در سطح مولکولی.. 27

1-10-1 روش انگشت‌نگاری ژنتیکی از طریق هیبرید‌کردن با DNA جستجوگر. 27

1-10-1-1 محدودیت‏های روش انگشت‌نگاری.. 29

1-10-2 روش پروفایلینگ… 29

1-11 تاریخچه استفاده از مارکرهایSTR.. 30

1-12 CODIS چیست؟. 31

1-13 کیت مورد استفاده در تعیین هویت.. 32

1-14 معرفی استان‏ها 34

1-14-1 استان کرمانشاه 34

1-14-1-1 موقعیت جغرافیایی.. 34

1-14-2 استان یَزد. 35

1-14-2-1 موقعیت جغرافیایی.. 36

1-15 هدف از تحقیق: 37

فصل دوم. 38

2-1 نمونه‌گیری.. 39

2-2 استخراج DNA به روش نمک اشباع. 39

2-3 آماده‌سازی نمونه‌ها جهت انجام تست DNA Typing. 40

۲-3-1 رسوب‌گذاری با اتانول. 41

2-3-2 تعیین غلظت نمونه‌های DNA توسط دستگاه Nanodrop. 42

2-3-3 تهیه‌ی Working Stoke. 42

2-4 تست DNA Typing. 43

2-4-1 Multiplex PCR.. 43

2-5 مواد و تجهیزات مورد نیاز در DNA Typing. 44

2-5-1 آزمایش DNA Typing. 44

2-5-2 جداسازی قطعات.. 45

2-5-2-1 تجهیزات لازم. 45

2-5-2-2 آماده‌سازی دستگاه جهت جداسازی قطعات.. 46

2-5-2-3 روش جداسازی قطعات.. 46

2-6 آنالیز داده‌ها 47

3-1 نمونه‏ها 53

3-2 پروفایل ژنتیکی.. 53

3-2 نتایج حاصل از آنالیز نمونه‏ها 55

3-3 نتایج حاصل از آنالیز نمونه‏های کرمانشاه 56

3-4 نتایج حاصل از آنالیز نمونه‌های یزد. 60

فصل چهارم. 65

4-1 بحث.. 66

4-2 نتیجه‏گیری.. 73

4-3 پیشنهادات.. 73

منابع انگلیسی.. 74

منابع فارسی………………………………………………………………………………………………………….75

فهرست جداول

شکل 1-1 انواع نشان‌گرهای ژنتیکی ]10[ 7

جدول 1-1 جایگاه‏های موجود در کیت ABI 33

جدول2-1 محلولI استخراج DNA (محلول لیز‌کننده گلبول‌های قرمز) 39

جدول 2-2 محلول II استخراج DNA (محلول لیز‌کننده گلبول‌های سفید) 40

جدول 2-3 ترکیبات TE. 40

جدول 2-4 شرایط PCR.. 45

جدول ۲-5 تنظیمات دستگاه ABI3130 در جداسازی قطعات STR.. 46

شکل2-4 چگونگی عملکرد دستگاه الکتروفورز موئینه‌ای[26] 47

جدول 2-6 مواد فلورسنت موجود در کیت ABI و رنگهایشان. 48

شکل2-5 مواد مختلف در طول موج‌های متفاوتی نور خود را ساطع می‌کنند[26] 48

جدول 2-7 ماده فلورسنت مورد استفاده برای هر جایگاه[25] 49

شکل3-1 پروفایل ژنتیکی یک فرد. 54

جدول3- 2 فراوانی آللی و سایر پارامترهای جمعیتی و پزشکی‌قانونی در جمعیت یزد را نشان می‏دهد. 60

جدول 4-1 مقایسه جمعیت کرمانشاه با سایر جمعیت‏ها 67

جدول 4-2 مقایسه جمعیت یزد با سایر جمعیت‏ها 68

فهرست شکل‌ها

شکل 1-2 کراسینگ‌آور و مبادلات نابرابر بین کروماتیدهای خواهری سبب ایجاد حذف‌شدگی یا الحاق می‌شود]23.[. 17

شکل 1-3 متزلزل بودن پلی‌مراز حین همانندسازی DNA می‏تواند طول تکرار را به اندازه یک یا دو واحد تغییر دهد [23]. 18

شکل 1-4 آلل‏های فرزندان مجموعه‏ای از آلل‏های والدین آنها می‏باشد [62]. 21

شکل 1-5 شناسائی مجرمین به کمک مارکرهای STR[26]. 23

شکل 1-6 مراحل انگشت‌نگاری ژنتیکی [38]. 28

شکل 1-7 مراحل پروفایلینگ DNA[36]. 30

شکل 1-8 جایگاه‌های CODIS روی کروموزوم‌های انسان[25]. 32

شکل 1-9 موقعیت جغرافیائی استان کرمانشاه [44]. 35

شکل 1-10 موقعیت جغرافیائی استان یزد[45]. 36

شکل2-2 استفاده از Multiplex PCR در روش پروفایلینگ[36] 44

شکل 2-3 دستگاه الکتروفورز موئینه ای[51] 46

شکل 2-6ladder به‌کاررفته در کیت ABI[25] 50

شکل 4-1 درخت فیلوژنتیکی میان سیزده جمعیت مختلف[46] 71

شکل 4-2.درخت فیلوژنتیکی میان نه جمعیت مختلف[46] 71

فهرست نمودار‌ها

نمودار3-1 پارامترهای ژنتیکی جمعیت استان کرمانشاه برحسب درصد. 60

نمودار3-2 پارامترهای ژنتیک جمعیت استان یزد برحسب درصد. 64

چکیده

بررسی تنوع ژنتیکی اقوام ایرانی با استفاده از STR

مونا داودبیگی
بررسی تنوع ژنتیکی در جمعیت‏ها با استفاده ار تعیین فراوانی آللی و پارامترهای ژنتیکی روش نوینی است که در سال‏های گذشته در بسیاری از جمعیت‏های جهان صورت گرفته و با استفاده از آن شباهت بسیاری از جمعیت‏ها به یکدیگر مشخص گردیده. شباهت جمعیت‏ها نشان‌دهنده‏ی همسان‌بودن خزانه‏ی ژنتیکی آنها و احتمالا یکسان‌بودن آن جمعیت‏ها در گذشته است. پس این احتمال وجود دارد که این جمعیت‏ها در گذشته یک جمعیت بوده باشند و بعد‏ها به دلایل جغرافیایی و یا مهاجرت‏ها از یکدیگر جدا شده باشند. یکی از راه‏های بررسی تنوع‌ ژنتیکی در جمعیت‏ها استفاده از توالی‏های کوتاه تکراری می‏باشد .هدف این مطالعه بررسی تنوع ژنتیکی در دو قوم یزد و کرد (کرمانشاه) از ایران بود. بدین منظور پروفایل ژنتیکی پنجاه فرد غیر‌خویشاوند از هر یک از جمعیت‏های کرمانشاه و یزد با استفاده از کیت ABIتهیه شد. این کیت حاوی پانزده جایگاه D8S1179،D21S11 ، D7S820،CSF ،D3S1358 ،TH01 ، D13S317، D16S539،D2S1338 ، D19S433، VWA، TPOX،D18S51 ، D5S818،FGA ،VWA ، TPOX و TH01 و ژن آمیلوژنین (برای تعیین جنسیت افراد) می‏باشد. نتایج