چکیده……………………………………………………………… 1
فصل اول: کلیات تحقیق
مقدمه……………………………………………………………… 3
1-1- مورفولوژی روده بزرگ………………………………………. 4
1-1-1 سکوم و آپاندیس…………………………………………. 4
1-1-2 کلون……………………………………………………….. 5
1-2- بیماریهای روده بزرگ……………………………………….. 6
1-2-1 آپاندیسیت………………………………………………… 6
1-2-2 عفونتهای داخل شکمی………………………………… 7
1-2-3 بواسیر…………………………………………………….. 7
1-2-4 سرطان روده بزرگ……………………………………….. 7
1-3- فلورروده……………………………………………………. 8
1-4- نقشهای مهم فلور طبیعی روده……………………….. 10
1-5- تاثیر آنتی بیوتیکها برروی فلور روده……………………. 12
1-6- علایم خارج شدن توازن باکتریهای روده………………. 13
1-7- پروبیوتیکها……………………………………………….. 13
1-8- منافع مصرف پروبیوتیکها……………………………….. 13
1-9- اشکال پروبیوتیکها………………………………………. 14
1-10- پری بیوتیکها……………………………………………. 14
1-11- باکتریهای بیهوازی احیاکننده سولفات………………. 15
1-12- نقش باکتریهای احیا کننده سولفات در طبیعت……..15
1-13- نقش باکتریهای احیا کننده سولفات در صنعت نفت….16
1-14- خوردگی میکروبی…………………………………….. 16
1-15- واکنشهای احیای ترموشیمیایی سولفات…………. 17
1-16- سیستمهای آلوده به SRB…………………………..
1-17- اهداف، فرضیات و پرسش اصلی پژوهش…………….18
1-17-1 اهداف اصلی…………………………………………. 18
1-17-2 اهداف اختصاصی……………………………………. 18
1-17-3 اهداف کاربردی………………………………………. 18
1-17-4 فرضیات پژوهش……………………………………… 18
1-17-5 پرسش اصلی پژوهش……………………………… 18
فصل دوم: پیشینه پژوهش
2-1- پژوهشهای انجام گرفته در سطح جهان……………… 20
2-2- پژوهشهای انجام گرفته در ایران………………………. 23
فصل سوم: روش شناسی تحقیق
3-1- مواد و روش کار………………………………………….. 25
3-2- محیط کشت مورد نیاز………………………………….. 26
3-3- انتخاب بیماران مورد نظر برای نمونه برداری………….. 26
3-4- ارزیابی تاثیر آنتی بیوتیک ها برروی باکتریهای SRB
3-4-1 آنتی بیوتیک کلیندامایسین………………………….. 30
3-4-2 آنتی بیوتیک جنتامایسین……………………………. 31
3-4-3 آنتی بیوتیک مترونیدازول………………………………. 31
3-5- ارزیابی خواص ضدمیکروبی آنتی بیوتیکها بر باکتریهای SRB مثبت…32
3-6- تعیین هویت مولکولی باکتریهای SRB مثبت………… 33
3-7- آنالیز آماری………………………………………………. 33
فصل چهارم: نتایج یافته های تحقیق
4-1- مقدمه…………………………………………………… 35
4-2- تجزیه و تحلیل نتایج جمعیت شناختی………………. 35
4-2-1 جنسیت……………………………………………….. 36
4-2-2 سن…………………………………………………….. 37
4-2-3 میزان تحصیلات……………………………………….. 38
4-2-4 میزان درآمد……………………………………………. 39
4-3- ارزیابی فرضیات پژوهش………………………………. 40
4-3-1 فرضیه اول………………………………………………40
4-3-2 فرضیه دوم……………………………………………. 43
4-3-3 فرضیه سوم………………………………………….. 45
4-3-4 فرضیه چهارم………………………………………… 47
4-3-5 فرضیه پنجم…………………………………………. 48
4-3-6 فرضیه ششم………………………………………. 50
4-4- نتایج آزمایش PCR…………………………………..
4-4-1 تأیید استخراج DNA…………………………………
4-4-2 تأیید PCR ژن16S rRNA……………………………
4-4-3 توالی تعیین ترادف شده قطعه 16S rRNA……….
4-4-4 آنالیز فیلوژنتیکی……………………………………. 57
فصل پنجم: بحث و نتیجه گیری
5-1- بحث……………………………………………………..63
5-2- نتیجه گیری……………………………………………. 67
5-3- پیشنهادات……………………………………………..67
منابع و مآخذ………………………………………………… 68
فهرست منابع فارسی……………………………………… 68
http://fumi.ir/%d8%af%d8%a7%d9%86%d9%84%d9%88%d8%af-%d9%be%d8%a7%db%8c%d8%a7%d <a href="http://40y.ir/%d8%af%d8%a7%d9%86%d9%84%d9%88%d8%af-%da%a9%d8%a7%d8%b1-%d8%aa%d8%ad%d9%82%db%8c%d9%82%db%8c-%d9%88%da%a9%d8%a7%d9%84%d8%aa-%d8%a8%d8%a7-%d9%85%d9%88%d8%b6%d9%88%d8%b9-%d8%a8%d8%b1%d8%b1%d8%b3-22/"><img class="alignnone wp-image-170859″ src="https://arshadfile.ir/wp-content/uploads/2019/08/ddsd_001-268x300-268x300.png” alt="برای دانلود متن کامل پایان نامه ها اینجا کلیک کنید” width="171″ height="191″ /></a>http://fumi.ir/%d8%af%d8%a7%d9%86%d9%84%d9%88%d8%af-%d9%be%d8%a7%db%8c%d8%a7%d9%86-%d9%86%d8%a7%d9%85%d9%87-%d8%a7%d8%b1%d8%b4%d8%af-%d8%a7%d8%b1%d8%b2%d9%8a%d8%a7%d8%a8%d9%8a-%d8%b1%d9%8a%d8%b3%da%a9-%d9%88/ 9%86-%d9%86%d8%a7%d9%85%d9%87-%d8%a7%d8%b1%d8%b4%d8%af-%d8%a7%d8%b1%d8%b2%d9%8a%d8%a7%d8%a8%d9%8a-%d8%b1%d9%8a%d8%b3%da%a9-%d9%88/
فهرست منابع انگلیسی…………………………………… 70
چکیده انگلیسی…………………………………………….. 73
چکیده:
باکتریهای احیا کننده سولفات (SRB) گروه بزرگی از میکروارگانیسمهای بیهوازی هستند که نقش بسیار مهمی در بسیاری از فرآیندهای بیوژئوشیمیایی ایفا می کنند. این پژوهش با هدف شناسایی وتعیین هویت مولکولی باکتریهای احیا کننده سولفات و نقش آنها در عفونتهای روده بزرگ و آپاندیسیت در شهر کرمان انجام شد. روش کار: این پژوهش به صورت مقطعی-توصیفی در سال 1391 تا 1392 بر روی 50 بیمار مراجعه کننده به بیمارستانهای مختلف شهر کرمان انجام شد. تمامی افراد مورد بررسی دارای مشکلات عفونت روده بزرگ ویا آپاندیسیت بودند. در بین این افراد نمونه گیری از حفره شکم و روده ی بزرگ انجام شد. سپس نمونههای تهیه شده به محیط کشت اختصاصی API تلقیح و 2 ماه در دمای 35 درجه سانتی گراد گرماگذاری شدند. سپس نمونههای مثبت پس از کشت مجدد در محیط جامد اختصاصیSRB ، برای خالص سازی بیشتر به محیط جدید API منتقل گردید. شناسایی مولکولی جدایه ها با بهره گرفتن از پرایمر یونیورسال 16s rRNA و مقاومت آنتی بیوتیکی صورت گرفت. از مجموع نمونههای مورد پژوهش از6 مورد (12%) نمونههای مشکوک به SRB جداسازی گردید. اما با روش مولکولی در4 مورد (8%) باکتری های احیا کننده سولفات شناسایی شد. بیشترین گونه ی باکتریهای (SRB) مربوط به سویه Desulfovibrio piger بود. همچنین بین جداسازی باکتریهای SRB، سن و میزان تحصیلات افراد ارتباط معنیداری مشاهده شد مناسبترین آنتیبیوتیک برای حذف باکتریهای SRB کلیندامایسین شناسایی شد. با توجه به نقش احتمالی باکتریهای SRB در ایجاد سرطان کلون و عفونتهای رودهای، ضرورت انجام پژوهشهای تکمیلی و پایش مداوم بالینی در جمعیتهای گسترده تر و ارزیابی نقش بیوسایدها وآنتیبیوتیکها در حذف این باکتریها وجود دارد.
مقدمه:
باکتریهای احیا کننده سولفات SRB به طور وسیعی در اقیانوس، آبهای شیرین، لجنها پراکندهاند. این باکتریها از سولفات به عنوان پذیرنده نهایی الکترون استفاده و سولفید هیدروژن تولید مینمایند. تا اکنون 14 جنس از این گروه باکتریها شناخته شده که به جز دسولفونما ویبرو تمامی آنها گرم منفی میباشند. یک جنس از این باکتریها به نام دسولفوویبرو می تواند در هنگام تکثیر فعال خود بیش از 10 گرم در لیتر سولفید هیدروژن تولید نماید (آبیارد 1382، 12-11؛ ;Geneva 2001, 157 Collette 1999, 198 ).
باکتریهای SRB نقش مهمی را در شروع التهاب یا التهابهای دائمی از قبیل بیماریهای دندان[1] ایفا می کنند (;Langendijk 2000, 943-950 loubinoux et al 2003, 1304-1306 ). Desulphovibrio spp از آبسههای شکمی و آبسههای مغزی و همچنین از خون و ادرار نیز جدا شده اند (Collette 1999, 198). باکتریهای SRB انرژی مورد نیاز خود را از احیای سولفات بدست میآورند این باکتریها به دلیل تولیدH2s که بجز ترکیبات سیتوتونیک[2] مهم است و یک عامل خورنده[3] میباشد (Barton 2007, 1-523) و در مجاری دستگاه گوارش (دهان و روده) انسان و حیوانات وجود دارند. یکی از آرکی متانوژنیک (متانوژن) به نام متانو بروی باکتراسمیتی[4] در عفونتهای انسانی یافت شده است (Worden and Smelly 1996, 157-171 ) مهم ترین باکتریهای احیاکننده سولفات شناسایی شده در فلور روده عبارتند از:
دسولفوتوماکولوم[5]، دسولفوویبریو[6]، دسولفوبولبوس[7]، دسولفوفیرفیلدنیس[8]، دسولفوویبریوپیگر[9] (Goldstein 2003, 2752-2754؛ La Scola and Raoult 1999, 3076-3077 ، Susceptibilities of 23 Desulfovibrio Isolates from Humans, 5308–5311 ).
براساس مطالعات Birvin در سال 2001 در کشور کانادا شیوع مشکلات گوارشی همراه با درد 6% گزارش کرد و در سال 2003 Ehlin و در سال 2004 Wilson در انگلستان شیوع عفونت را به ترتیب 2/8 درصد و 5/10 درصد گزارش کردند که از سال 1970 تا 2004 به طرز چشمگیری افزایش پیدا کرده است. Hugin در سال 2005 و Boivin در سال 2001 در ایالات متحده امریکا عفونت روده در بین دانش آموزان و در محدوده سنی بین 16 تا 30 سال در مردان 65 درصد و در زنان 44 درصد گزارش کردند.
در سال 1992، John، Boseph و همکاران ثابت کردند که منوباکتامها (آزترونام) یا آمینوگلیکوزیدها به همراه کلیندامایسین یا مترونیدازول در کاهش (Intra abdominal infections) موثر میباشند (Yoshiota et al 1991, 11-17 ).
آنتیبیوتیک کلیندامایسین از دسته داروهای پادباکتری با نیمه عمر 2 تا 3 ساعت مانع از بیوسنتزپروتئین توسط باکتری میشود که در درمان پریتونیت، عفونتهای داخل شکمی و همچنین عفونتهای استافیلوکوکی مصرف میشود. مترونیدازول یکی از داروهای نیتروایمیدازول اثر کشندگی بر باکتریهای بیهوازی و پروتوزوآها دارد از این رو در درمان بیماریهای التهابی، کولیت پسودو ممبراند و عفونتهای ژیادریایی مصرف میشود (منصور 1390، 36-35؛ گوهرخانی 1374، 27؛ سیمون 1368، 18-17).
هدف از این پژوهش، ارزیابی نفش باکتریهای احیا کننده سولفات در ایجاد عفونتهای روده بزرگ و آپاندیسیت در شهر کرمان می باشد.
1-1- مورفولوژی روده بزرگ
روده بزرگ به طول 1.4 تا 1.8 متر، از انتهای روده باریک شروع شده و به مجرای مقعد ختم میشود. ابتدای رودهی بزرگ که در ارتباط با ایلئوم قراردارد، سکوم یا روده کور نامیده میشود. قسمتی ازروده بزرگ که بین سکوم وآنال کانال قراردارد، کولون نامیده میشود که به سه قسمت کولون مساعد، کولون افقی وکولون نازل، تقسیم میگردد. کولون نازل درانت ها به سیگموئیدورکتوم و نهایتاً آنال کانال، ختم میشود (جان ای 1389، 90-89).
1-1-1- سکوم و آپاندیس
سکوم قسمت ابتدایی روده بزرگ است که زاییده آپاندیس به قسمت بن بست آن متصل میشود. آپاندیس زایدهی انگشت مانندی است به طول 10-5 سانتیمتر وقطر متوسط 8/0 سانتیمتر که با افزایش سن قطر آن کاهش مییابد. دیواره آپاندیس مرکب از 4 لایهای است که درسایر قسمتهای لوله گوارش یافت میشود. مخاط آپاندیس شبیه روده بزرگ، فاقد پرز وچین و حاوی غدد لولهای مستقیم است. اپیتلیوم پوشاننده آن شامل سلول های جذبکننده و جامی است. آستروزیر مخاط حاوی تعداد زیادی عقدههای لنفاوی است که با افزایش سن ازتعداد آنها کاسته میشود. در افراد سالخورده با ناپدیدشدن بافت لنفاوی درآپاندیس، مخاط وزیرمخاط فیبروزه میشوند. طبقه عضلانی در آپاندیس شبیه روده کوچک، مرکب از عضلات حلقوی درداخل وعضلات طولی درخارج است که از خارج بوسیله بافت سروز پوشیده شده است. آپاندیس یک عضو لنفاوی است و مانند دیگربافتهای لنفاوی میتواند ملتهب شده وتولید آپاندیسیت نماید (جان ای 1389، 90-89).
2-1-1- کلون
وظیفه اصلی کلون جذب آب واملاح است که در نتیجه آن مواد هضم نشده وارده از روده باریک به کلون، از حالت مایع به حالت جامد درآمده و مدفوع[1] نامیده میشود. باتوجه به عملکرد روده بزرگ که در اصل هدایت مواد هضم نشده به خارج از بدن است، روده بزرگ فاقد چین و پرز است.
کلون شامل قسمتهای کلون صعودی، کلون عرضی، کولون نزولی، کلون خاصره لگنی یا سیگموئید روده مستقیم دنباله کلون خاصره لگنی و قسمت انتهایی روده کلفت است. طول آن 12 تا15 سانتیمتر میباشد. قسمت تحتانی روده مستقیم به مجرای مقعدی[2] ختم میشود. رگهای خونی تغذیه کننده روده با عبور از طبقه عضلانی به زیر مخاط رسیده و شبکه عروق بزرگی را بوجود می آورند که انشعابات آن به آستر محور پرزهای در روده باریک، نفوذ مینماید. شریانچههای انتهایی، پس از تشکیل شبکه مویرگی در درون پرزها به وریدچهها منتهی میشوند. عروق لنفی روده به صورت بن بست از راس پرزها شروع و مجرای شیری نامیده میشوند. این رگها شبکه مخاطی را تشکیل داده وسپس به لنفاتیکهای زیر مخاط میریزند. رگهای لنفی زیرمخاطی، پس ازعبور از عقده های لنفی مسیر، توسط مجرای توراسیک به سیستم وریدی تخلیه میشوند. بنابراین مواد حمل شده از طریق رگهای لنفی وارد کبد نمیشوند. عصبگیری لوله گوارش توسط سیستم عصبی اتونوم انجام میگیرد که خود به دو قسمت داخلی[3] و خارجی[4] تقسیم میگردد. قسمت داخلی که به سیستم عصبی رودهای نیز موسوم است، مرکب از نورونهای حسی، نورونهای رابط و نورونهای حرکتی است که بدون ارتباط با سیستم عصبی مرکزی وبه طور رفلکس، عمل مینماید. بدین ترتیب که تحریکات ناشی از ترکیب مواد غذایی (تحریکات شیمیایی) یا اتساع روده در اثر تجمع مواد (اتساع مکانیکی) به شبکه های مایسنر، منتقل شده و نورونهای حرکت آنها، سبب ترشح سلولهای اپیتلیال، انقباض عضلات وتحریک حرکات روده میشوند (حسن پور 1389، 77-76؛ سوزان 1389، 24-23؛ ساداتی 1389، 57-56).
2-1- بیماریهای روده بزرگ
1-2-1- آپاندیسیت
بیماری آپاندیسیت یا التهاب زایده کرمی شکل شیوع فراوان دارد. علل پیدایش آپاندیسیت بسیار مختلف است. یبوست، انگلهای روده، تورم روده بزرگ، عفونتهای عمومی ازقبیل گریپ، آنژین چرکی میتوانند ایجاد آپاندیسیت نمایند. اولین علامت مهم آپاندیسیت حاد، احساس درد در اطراف ناف است، اما هنگام لمس و فشار ناحیه راست و زیرشکم، دردناک است. هنگام حمله درد آپاندیسیت، جدار سمت راست وزیرشکم سخت می شود.
بیمار حالت تهوع واستفراغ دارد. تب مختصر است و آزمایش خون ازنظر نوع گلبولهای سفید، عفونت حاد را نشان می دهد. اگر آپاندیس بیمار برداشته نشود، حمله حاد آپاندیسیت گاه به گاه تکرار خواهد شد. علت عود بیماری اغلب یک سرماخوردگی است. حملات بعدی آپاندیسیت همیشه سختتر بوده و با عوارض بیشتری توام است. آپاندیس متورم ممکن است در مدت کوتاهی چرک کند و قانقاریا شود.
2-2-1- عفونت های داخل شکمی
معمولاً توسط مخلوطی از باسیلهای رودهای گرم منفی وباکتریهای بیهوازی، ایجاد میشوند. این مخلوط ارگانیسمها باعث ظرفیت پتانسیل بیماریزایی باکتریها میشود (دیناکی 1389، 151).